Dunque: se il problema è solo il passaggio da FAT32 a NTFS la cosa è semplicissima
Esiste il comando "convert": basta digitarlo

Sintassi: CONVERT *: /FS:NTFS dove * è l'identificativo del disco da convertire (C, D, .....)
Non hai bisogno di salvare nulla
Se invece vuori reinstallare il tutto, allora direttamente dall'installazione di XP, cancelli le partizioni esistenti, le ricrei e poi, quando te lo chiede gli dici di formattare in NTFS, poi prosegui con l'installazione
Quei famosi 8MB se li tiene per la gestione del file sistem e delle partizioni, è normale e quindi lascia perdere (in ogni caso sono 8MB su 40GB

)