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Non sarebbe male anche avere un'organizzazione basata sul software installato, cioè ogni programma ha una propria cartella (con file in sottodir organizzati in bin, etc, var, ecc).
In questo modo *imho* si avrebbe un'ulteriore pulizia del sistema: ad esempio sai che tutti i file di Xorg (primo programma che mi è venuto in mente) sono dentro nella cartella Xorg (a parte i settaggi x ogni utente in /home), e che cmq se vuoi metterci mano li trovi subito (visto che sono catalogati in dir "unix style").
Ciao!
Michele81
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