Ti racconto la mia esperienza.
Tempo fa anche io avevo compresso i file che windows aveva deciso essere obsoleti. Il risultato è che applicazioni che usavo spessissimo erano diventate lentissime (per esempio giochi come AvP2) e alcune non partivano nemmeno (virtualdub che si era visto portare via una dll finita nel calderone dei file compressi).
In entrambe i casi è stato sufficiente usare il tasto destro e poi "proprietà" per decomprimere i file (adesso non ricordo il percorso esatto)... cmq da allora mi sono guardato bene di fargli fare questa inutile operazione
Non sono però a conoscenza di un metodo per decomprimere di botto tutti i file che ha compresso (non so se si possa fare su tutto il disco)... non ci ho mai provato... tanto dopo un po' avevo formattato