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potresti cifrare tutto con dm-crypt e mettere la chiave su usb, così puoi anche mettere chiavi enormi (sempre che l'algoritmo le supporti). poi in avvio monti tutto al punto giusto prendendo la password dalla chiave.
la cosa brutta è che fino a che la usb è montata chiunque può leggere la password, ma del resto credo che sia così per qualunque sistema.
mettere una seconda chiave non ti alza il livello di sicurezza (che finisce per essere uguale a quello del secondo algoritmo) e rende tutto più scomodo
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