server li ho tenuti per pochissimo, e cmq nulla di professionale....
cmq impara a usare iptables, magari un ids tipo snort e cercati un buon sito per rimanere aggiornato sulle vulnerabilitā segnalate.
dei virus non devi preoccuparti, se hai paura di rootkit e cose del genere ci sono appositi programmi che possono lavorare per te (e un kernel senza moduli aiuta molto).
per il resto...
bho, suppongo che rimanga da imparare a configurare bene i progammi che userā il server.č inutile avere tutto configurato se poi lasci qualche accesso di troppo al tuo ftp

magari impara a usare anche chroot, ogni tanto si scoprono alcuni buchi, ma bisogna sbattersi per uscire da una prigione ben fatta
cia