Lascia perdere tutto, installa il disco e usalo, questo è l'unico consiglio intelligente che ti si può dare
Se vuoi separare il SO dai programmi, OK, va bene
Aloora per il SO, bastano tranquillamente 5/6GB compreso il file di swap
Per il resto partiziona come ti piace di più, evitando magari le soluzioni estreme
Per la velocità, non esiste che un dispositivo master primario sia più veloce di qualsiasi altra periferica (con le stesse caratteristiche) collegata da qualsiasi altra parte