Formatta col floppy di avvio di win 98 e non avrai problemi. Non badare a quello che conteggia il prog. durante la formattazione perchè appaiono i dati più strani, in realtà ti formatta tutto il disco.
Il limite per quanto riguarda i file, riguarda file "singoli" e non cartelle. Infatti qualche volta con tmpg ho trasformato dei divx e, quando il file risultante supera i 4100 mb ca, la codifica si ferma e allora ho ovviato con un altro HD formattato NTFS su cui salvo il file che mi interessa.
Per quanto mi riguarda mi tengo il SO su FAT32 perchè è mooolto più veloce!
Io ho un HD da 160Gb in fat32.
Se formatti da win su fat32 in ntfs poi puoi accedere anche da fat32.