Mi sfugge qualcosa: per impostare "copy" nel video (che è ciò che interessa) non sei obbligato ad impostare "copy" anche nell' audio...
... a parte questo credo che dipenda dalle codifiche utilizzate; ho trovato una discussione con l'uso di ffmpeg (manca però la conferma finale che funzioni...)
https://avidemux.org/smif/index.php?topic=13258.0