Ho risolto ed ho anche capito il perchè! Grazie al forum di ipfrog!
In pratica su ipfrog mldonkey gira come chroot; questo implica che può leggere e scrivere solo nella sua directory, ovvero /opt/mldonkey/data, e che vede come root proprio la directory /opt/mldonkey (anzichè / ).
Mi è bastato cambiare il path della directory di condivisione in downloads.ini (rimuovendo /opt/mldonkey) ed è partito come un fulmine con tutti gli share!
Byez!