Purtroppo ho avuto esperienza diversa circa icone di shortcut spariti almeno su PC con privilegi di admin, in cui erano stati scollegati HDD/SSD di volumi esterni a Windows. E non c'erano applicazioni di ottimizzazione in background come CCleaner.
Anch'io uso una personalizzazione con StartMenuX (simile a Classic Shell ed altri) oltre appunto a tweak applicati qua e là di cui non ho probabilmente traccia storica.
Certamente con il prossimo 'in-place' o trasferimento OS e dati con laplink PCmover dovrò mettermi a stilare l'elenco di personalizzazioni successive e di ripristino dell'ambiente operativo.

Grazie.