Ora non ho una macchina Windows con Foobar2000, lascio ad altri una risposta più precisa. Il problema è che non devi rifare la codifica (encode), ma devi semplicemente copiare la traccia audio. Considerando che i video caricati su YouTube (almeno quelli non gestiti da case discografiche) possono già aver subito una conversione lossy->lossy in fase di caricamento non rifarei un secondo transcoding.
In alternativa prendi in considerazione
yt-dlp o una delle sue tante GUI (ignoro l'esistenza di un estensione per fb2k), in modo da poter fare il download della sola traccia audio (AAC o OPUS) senza la parte video.
Oppure un client "alternativo"
che utilizza YouTube Music web (No Premium) tipo
https://th-ch.github.io/youtube-music/ , ma c'è ne sono decine di altri ho messo questo perché è multipiattaforma.