Mi sembra una situazione curiosa, ma ognuno fa le proprie scelte ...
Potreste mettere degli users completamente diversi nei due SO, al massimo mantenere in comune un "Administrator" che può far comodo in caso di problemi.
Le partizioni continuereste a vederle, ma senza accedere !
Tieni presente che i file in C:\ servono a Win2k solo per il boot mgr ed il bootloader ntldr (ma non va in conflitto con quello di NT ?

).
Quando scegli di avviare Win2k, ntldr lancia il boot da files che sono nella partizione di questo S.O., quindi non dovresti aver problemi.
Se usi tweak-ui, c'é una opzione (puramente cosmetica) per far sparire le unità da Explorer. Come si dice ... Occhio non vede ...