Ciao, non ho ben capito cosa intendi con nuove cartelle di backup, immagino che siano sottocartelle di una cartella principale della quale vuoi fare il backup.
Generalmente i programmi di backup permettono di creare un'attivitā di backup nella quale selezioni l'origine dei dati e la destinazione di backup. Puoi creare due attivitā che hanno la stessa origine ma con destinazione diversa corrispondente ai due dischi esterni. La cartella principale con le varie sottocartelle di backup verrā copiata su entrambi i dischi.
Per il backup di file utilizzo SyncBack free:
https://www.2brightsparks.com/syncback/sbfree-new.html
Puoi impostare il programma in modo da eseguire in automatico le due attivitā nella data mensile che desideri.
Un po' tutti i programmi di backup dei file permettono di creare delle attivitā programmabili, attendi anche altri consigli.