Mettendo da parte il discorso cache del disco che non c'entra con backup incrementrali o clonazione, se ho capito bene, quel che ti servire è un clone sia del piccolo SSD di avvio e un clone dell'HD dei dati.
In questo modo, se è questo che cerchi, in caso di emergenza di OS+ Programmi rovinato, userai il clone che hai effettuato. Idem solo per HD dati.
Se hai bisogno di accesso immediato in caso di emergenza, lascia stare il backup sia esso incrementale, differenziale o totale: avrai sempre bisogno di una procedura di ripristino per accedere a quei dati (o perlomeno 'montare' la partizione backuppata).
EDIT: RobbyBtheOriginal mi ha in pratica letto nel pensiero.
