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se non dovranno mai attaccarsi in rete macchine windows direi nfs, se anche solo qualche volta dovra arrivare qualche macchina windows forse meglio samba per non dover tenerli entrambi, ma anche tenendoli entrambi non succede niente di male, anzi ti consiglio di sperimentare un pochino con tutti e 2 come ho fatto io. samba ha il potenziale difetto tra macchine unix di non conservare l'ownership dei files, anzi non e un difetto di samba, si tratta di una cosa non presente nel protocollo cifs di microsoft ma che con nfs si fa tranquillamente se non ricordo male.
ftp direi che si puo usare solo per scambi di files molto sporadici, visto che e molto scomodo (a meno di non tentare di usare un ftp filesystem o una cosa simile molto arzigogolata comunque...), con nfs e/o samba monti e smonti filesystem come fossero noccioline, estremamente versatile.
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