Possono esserci molti motivi diversi, i primi che mi vengono in mente sono:
- IE di default (se non hai cambiato la configurazione) ha delle impostazioni di sicurezza molto stringenti, ad esempio se apri un file html dal disco o dalla rete non esegue il js. Ho provato sul mio pc e quando apro una pagina html dal disco, in basso compare il messaggio "È stato impedito alla pagina Web di eseguire script o controlli ActiveX" e c'è il tasto "Consenti contenuto bloccato". Se premo il tasto poi js funziona.
- IE non supporta "qualcosa" di quello che hai usato nella tua pagina html (js/css/tag html). Questo potresti capirlo aprendo la pagina in IE, poi apri la console per sviluppatori premendo F12 e vedi se ti scrive degli errori nel tab Console