Purtroppo non c'è un singolo file, ma da Windows 95 in poi c'è il mare magnum del registro di sistema, e che io sappia allo stato attuale prendere gli hive del registro di una installazione e copiarli brutalmente su un altra non va bene.
La maniera migliore per mettersi al sicuro dai casini di una reinstallazione o ripristino è non fare reinstallazione o ripristino. La cosa migliore da fare è creare backup periodici del sistema operativo con apposita applicazione, ad esempio backup settimanali.
Nel peggiore dei casi si torna indietro di una settimana e c'è poco che modificare per mettersi in pari. Mi spiace ma altri metodi veramente efficaci, io non ne conosco