Se vuoi fare un lavoretto pulito, utilizza l'utility del produttore ( WD drive utilities for windows credo ), ci sono le opzioni per formattare volendo anche a basso livello che riporta i drive allo stato di fabbrica.
Tieni presente che la LLF (low level format) però impiega molto più tempo di una formattazione normale.
Volendo mi sembra che dalla utility sia anche possibile creare una pendrive o cd di avvio con su l'utility stessa se vuoi fare le cose non da windows.
Ovviamente se lo fai da windows devi farlo da un disco dove è installato l'os, diverso da quello su cui vuoi intervenire, ovvio.
Vedi te.