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C'è un'applicazione in esecuzione (e probabilmente impostata per partire automaticamente all'avvio di Windows) che resetta quel setting su 125%

Sai cos'è il registro di sistema? Sai usarlo?
Se si, vai al punto 1, altrimenti vai al punto 2.

1. La chiave di registro che controlla la dimensione del testo è HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop\LogPixels.
   Il valore che corrisponde a 100% e che dovresti impostare è 60 in esadecimale (ovvero 96 in decimale). Impostala sul valore corretto e prova a riavviare. Se il setting non viene mantenuto, allora vai al punto 2.
   Ricorda di fare un backup del registro prima di apportare le modifiche.
2. Guarda cosa è impostato in esecuzione automatica (Gestione attività -> Scheda Avvio).
   Disabilita tutti i programmi, imposta la dimensione testo a 100% e riavvia. Ora dovrebbe mantenerti l'impostazione. Riabilita una per una le voci nella scheda Avvio finché non trovi l'applicazione che ti modifica i settings.