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Ha senso provare a collegarlo comunque ad altra porta SATA II? (ammesso che parta regolarmente con quel settaggio)

Sì, secondo me ha senso provare a cambiare completamente porta SATA. Anni fa io ebbi diversi problemi casuali con una scheda madre Gigabyte G45M-DS2H (solo SATA 3Gb/s - ICH10R) ed SSD Intel X25-E. A volte non partiva, o dava valori molto bassi nei benchmark, o anche in fase di installazione di Windows l'operazione poteva terminare con un errore inspiegabile/schermata blu, cosa che mi allarmò particolarmente quando installai l'SSD.

Cambiare porta SATA sembrava risolvere la situazione, ma vai a capire quale fosse l'esatta origine del problema. I cavi non erano. Non ho avuto altri problemi con PC/schede madri più recenti e lo stesso SSD.

Questa cosa ho capito cosa intendi: l'host gira in Win7 ma poi ci sono 3 VMs. Non è enterprise abbastanza l'ambito d'uso ed il TRIM operato da Win 7 è meno rilevante/critico?

Intendo dire che spesso in ambito enterprise il TRIM viene disabilitato di proposito, oppure presente nell'OS ma non abilitato, oppure inerentemente non usato dato che si tende a scrivere e sovrascrivere settori, più difficilmente eliminarne esplicitamente il contenuto (una delle operazioni che su Windows lo fa eseguire).

L'uso esclusivo di VM dovrebbe corrispondere all'ultimo utilizzo, anche se in teoria l'Host dovrebbe poterlo fare almeno con le ultime versioni di Windows.

Come fonte, c'è qualche informazione qui ed immagino si possa trovare altro in altre pagine correlate; non mi sono informato in dettaglio a riguardo:
https://msdn.microsoft.com/en-us/win...nd-unmap-hints

O forse lo spazio libero di soli 25 GB può creare problemi anche in fase di boot?

No, non credo che questo sia un problema; questi SSD dovrebbero essere in grado di operare normalmente con limitato spazio libero. In assenza di TRIM in ogni caso lo spazio libero effettivo dal punto di vista dell'SSD è pari a quello di overprovisioning di fabbrica (una volta che tutto lo spazio libero è stato "sporcato" da dati).