[Styb]

Dovresti prima individuare la causa della mancata sincronia.
Audacity comunque rimane la scelta migliore secondo me.
Non conosco programmi che analizzano le eventuali discrepanze tra due flussi video, ma così a naso se esistessero è probabile che non siano alla portata di tutti.
Forse è più semplice confrontare le due tracce audio con audacity, poiché si potrebbe vedere dove le due tracce coincidono e dove no.