Non so e non ho capito che ti è successo e perché, mai avuto problemi del genere. Io al tuo posto prima di mettermi a fare operazioni su regedit o chkdsk, avrei fatto un controllo dei parametri SMART dell'hard disk, con programmi quali CristalDiskInfo ad esempio.
Comunque per cercare di recuperare quei file, puoi per prima cosa provare con il gratuito Recuva:
https://www.ccleaner.com/recuva
Se non trova/riesce lui, proverei con R-Studio che è a pagamento, ma permette l'uso di una demo che ti mostra quello che è recuperabile. Poi successivamente si può decidere di acquistare e fare il recupero:
https://www.r-studio.com/it/