Curiosità, oltre al "DIR", batti un "ATTRIB /D [DISCO]:\[EVENTUALE_PATH]\*"... se ti mostra molti file taggati SH sono diventati file di Sistema e/o Hidden. Ripeto, il motivo poi devi scoprirlo tu
Non è che "per magia" sono diventati addirittura FILE DI SISTEMA?
Riprendi la seconda immagine sopra, de-spunta il "nascondi i file protetti di sistema", e verifica nuovamente se Explorer te li vede.