La domanda andrebbe posta più sulla sezione Linux a mio parere.
In ogni caso non c'è alcun motivo perché Linux Mint debba "uccidere" le chiavette USB o gli Hard Disk, molto spesso siamo noi a fare casini ed attribuirli poi al sistema operativo o ai programmi.
Su Mint se non ricordo male ci dovrebbe essere il programma Disk che consente la gestione, partizionamento e formattazione compresi, delle unità di archiviazione. E tutte le volte che l'ho usato non mi ha mai "ucciso" nulla
È decisamente più facile fare casini sul terminale dove basta sbagliare qualcosa per combinare guai, ad esempio sbagliare la partizione di destinazione formattandone e quindi cancellandone un altra..
Comunque per il comando da terminale, mkfs+parametri, ti consiglio di chiedere nella sezione Linux.