Quello che ti sta succedendo è ovviamente molto grave, io non ci penserei due volte a reinstallare da zero il sistema operativo.
In ogni caso quei dischi vengono collegati tramite USB e come dallo standard USB sono inseribili e rimovibili "a caldo" cioè con il computer acceso. Non serve spegnerlo e riaccenderlo. Prima di togliere il disco effettua la rimozione hardware cliccando con il destro sull'apposita icona in basso a destra. Quando ti verrà detto che puoi disinserirlo toglilo, questo in linea teorica dovrebbe bastare per informare il sistema operativo che deve effettuare la regolare chiusura del file system, conclsione di tutti i task in memoria con relativa cancellazione.
La stessa cosa dovrebbe avvenire in automatico ogni volta che arresti il PC, ma da Windows 8 il normale arresto in realtà è un arresto a a metà, perché il kernel ed altre componenti vengono ibernate. Per ottenere l'arresto completo e vero, devi disattivare l'avvio rapido:
https://www.geekslab.it/come-disabil...su-windows-10/
Ecco, prova a disattivarlo e vedi se il fenomeno del tutto inconsueto e pericoloso per l'integrità dei tuoi file, persiste.