Inizio col chiarire che Matroska (MKV) è un contenitore e che accetta diversi codec, sia audio che video.
Io ti consiglio di scaricarti Handbrake (è freeware) e di ricomprimere il tuo video con codec x264 e audio aac. Puoi scegliere quindi di usare il contenitore mp4 o mkv.
Handbrake ti permette di impostare la qualità di compressione e io ti suggerisco di comprimere a crf fisso (ossia mantiene la qualità costante, cambia il bitrate). Inoltre si occupa da solo di de-interlacciare nel caso il video lo sia.
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Solo Debian e CentOs...
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