[ishtar1900]

Premetto che dovrebbe funzionare correttamente anche in caso di piu partizioni, personalmente ho sempre fatto immagini di dischi aventi una sola partizione quindi non garantisco il successo.
Da live e usando un disco diverso da quello in cui è installato il sistema su cui "inviare" l'immagine, avvii dd e crei l'immagine del tuo disco ( esempio: dd if=/dev/sda conv=sync,noerror bs=64K > /sdx/debian.img ) Poi in base all'emulatore per macchina virtuale che userai convertirai tale immagine nel formato corretto. Avvii la macchina virtuale ed elimini tutto cio che non ti serve

ps
Clonare solo la partizione sda3 ti impone di clonare pure l'mbr e onestamente non saprei come integrare le 2 immagini ( sistema e mbr).
Per il comando dd fatto ad esempio sono andato a memoria, se decidi di usare questo metodo controlla che sia corretto al 100%