Non devi toccare il kernel, devi semplicemente installare il pacchetto kernel-source
Per l'acpi invece mi sa che devi proprio ricompilare il kernel (2.6.X), con particolare attenzione a dove parla di acpi e asus_acpi;
purtroppo non ti so dire di piu', non ho un portatile (un asus m3 sarebbe il mio sogno adesso
)