Che scheda hai: intendo che chipset?
Secondo: che procedura stai usando? Devi creare un disco di boot

se non lo hai gia' fatto e copiarci i files del programma di aggiornamento e il file del bios nuovo.
Prova anche qui:
www.bootdisk.com se hai problemi nel creare questo disco.
Se la tua scheda è recente potrebbero esistere anche programmi di aggiornamento che funzionano anche sotto windows...
Infine, assicurati di aver settato il bios come "upgradable" o da un'opzione dentro al bios stesso, o con un jumper presente sulla scheda madre: dove pero' chiedilo al manuale

. Togli la corrente pero'