Sì, ma appunto perché Java è Managed non scrivi direttamente sulla porta 0x3F8, ma appunto chiami le API C del sistema operativo sottostante che in caso di POSIX vorrebbe dire chiamare la open()!
Il flusso è più o meno questo (facciamo finta di essere su Linux... poveri noi
):
1. CommPort.Open(PortName); // PortName dovrebbe essere un nome simbolico se ho capito bene...
[Bridge JNI tra Java e C]
2. Funzione C che converte PortName in un path in /dev facciamo finta che sia '/dev/ttyS0'
3. Funzione C open("/dev/ttyS0")
[Syscall al kernel]
4. Funzione di kernel che rimappa "/dev/ttyS0" nella porta hardware corrispondente
5. Funzione di kernel che "apre" la porta hardware (se "ti piace" fai finta che sia 0x3F8)
6. Il kernel ritorna OK che viene propagato al C e - infine - a Java[/list]
Su Cosmos (che però è basato su C#) essendo esso stesso il SO ed essendo VIETATO il C i punti 2 e 3 non esisterebbero e sarebbe più vicino a quello che hai immaginato, ma anche Cosmos
non permetterà per ovvie questioni di sicurezza di manipolare direttamente a livello utente le porte IO della macchina.