alla fine dell'installazione ti chiede dove vuoi installare GRUB il bootloader
in genere si installa nel mbr del disco
nel tuo caso puoi scegliere uno dei 2 dischi
se lo installi sul secondo disco, per avviare linux dovrai selezionare da Bios l'avvio da tale disco
http://wiki.ubuntu-it.org/AmministrazioneSistema/Grub