Winform ha il vantaggio che (solo su Visual Studio) ha un designer funzionante con GTK# c'è una specie di designer, ma loro stessi consigliano di non usarlo e quindi devi fare le cose "a mano" immagino con coordinate belle schiantate!
Sì ti confermo che avevo realizzato una semplice "Hello World" app con un po' di elementi GUI (label, input, combobox) e sorprendentemente funzionava persino sulla vetusta Cent OS 6.7!
Con GTK ti esponi anche - per assurdo - a problemi di portabilità visto che magari come backend usa Gnome 3 e la tua distro usa Gnome 2 che sono
ovviamente totalmente incompatibili
