Windows XP vede entrambi i file system, come d'altronde evidenziato negli schemi in fondo al 3D su: "Passare da FAT32 ad NTFS"; per cui non ci sono problemi. Dato che questa credenza popolare è molto diffusa (che Windows in FAT32 non vede NTFS), vorrei sapere chi lo ha scritto da qualche parte.
Una partizione con Windows ottimizzato (file di SWAP e cartella I386 su altra partizione, System Restore ed Ibernazione disabilitati) è più che sufficiente sia per OS che per programmi, entrambi su "C", come spiegato abbondantemente anche sul mio sito di riferimento.
NOTA BENE: Al contrario di quanto spesso molti fanno... i programmi (se escludiamo i giochi) non vanno mai installati su altre partizioni).