Se l'idea è di farti più un bidone della monnezza che un muletto, allora sarebbe meglio avere due pc distinti, anche perché, seppur rari, esistono i virus del bios e addio PC!
Cmq anche se personalmente non l'ho mai fatto, credo che l'idea tecnicamente possa andare, basta non esagerare col drive muletto
in pratica faresti un dual boot diviso, coi due OS completamente indipendenti. In caso di qualsiasi problema c'è sempre easybcd che può arrivare in tuo soccorso. Qui sotto ti linko una piccola guida al riguardo
http://www.lidweb.it/ind_topic.asp?topic_id=727