[sottovento]

A dir la verita' non so come abbia passato la compilazione.
Per esempio:

char materia[nm][30];

oppure

        struct s_quadrimestre{
            struct s_voti{
                float orale;
                float scritto;
                float pratico;
                float media;
            }voto[nm];

(dove nm e' una variabile inizializzata a 0) avrebbe dovuto generare un errore di compilazione.

Devi prima leggere il valore per le variabili nm ed nst; poi, utilizzando tale valore, vai ad allocare dinamicamente i vettori che dovranno contenere tale numero di valori.
In alternativa, potresti dichiarare delle costanti (MAX_NUM_STUDENTS, ...) e verificare che nm ed nst siano inferiori a dette costanti.