Rispondo a questo thread perché ho trovato - dopo lungo sbattimento -

una spiegazione al problema: la smartcard non viene vista usando RDP! Non so ancora perché, ma sembra che da qualche parte venga effettuato un controllo per verificare se si stia operando in locale o da remoto. Nel secondo caso la smartcard non viene rilevata dal computer.
Ho superato il problema usando VNC.