[Pahadimas]

Se l'ipotetico programmino si installa in un computer, quando inseriresti la pendrive in un altro computer saresti punto e a capo, no?
Potresti sempre rimuovere la lettera dell'unità da gestione disco, in modo che esplora risorse non la veda, ma mi sa che inserendola in un altro computer avresti di nuovo la lettera dell'unità, a meno di rimuoverla anche dall'altro computer.
Per impedire la scrittura del volume criptato dovrebbe essere possibile montarlo in sola lettura. Questo impedisce a Veracrypt di scrivere, ma non a Windows.

Se i file sono in un contenitore criptato significa che c'è comunque un file contenitore inserito nella pendrive. In questo caso per accedere a questo file non hai comunque bisogno di accedere alla unità della pendrive da esplora risorse?
Diverse è se per contenitore criptato intendi che hai criptato una partizione della pendrive o addirittura tutta la pendrive. In questo caso mi sembra che non si parli di "contenitore", termine riservato a quando si tratta di un file contenitore.