[ishtar1900]

se vuoi usare un software per clonare dischi da windows immagino che ce ne siano parecchi, ma non saprei aiutarti.
Per quanto riguarda la sicurezza che l'operazione vada a buon fine, personalmente ho usato i vari tool di linux svariate volte e non ho mai avuto problemi, ma ovviamente sempre da distro linux live
Fossero 2 box usb esterni non avrei timore, ma lo stesso box che gestisce invio e ingresso dati in contemporanea non mi da l'idea di essere esente da rischi.