Anche a me interessava fare la stessa cosa:
su
www.openantivirus.org/projects.php ho visto il progetto "Viralator", uno script che permette la scansione dei file scaricati dal proxy (Squid proxy server), con alcuni virus scanner (Antivir, Trend, Sophos, ecc.); non l'ho mai provato, quindi non so dirti quanto sia valido.
Poi so che Trend Micro ed Antivir (e forse altri) hanno sviluppato degli antivirus commerciali per gateway Linux (ma hanno un certo costo, variabile dal numero di utenti che ne fanno uso).
Spero che qualcuno più esperto sappia darti qualche altra dritta (così la sfrutto anch'io).
Ciao!!!