Si vai con la "C", la direzione dell'aria andando verso la ventola superiore è corretta, e il fatto che prenda aria calda è relativo, perché quando il case è chiuso la temperatura dell'aria si uniforma molto e non pescherà aria a 10°C in più , al massimo uno o due gradi in più indicativamente, quindi il fatto che prenda aria vicino alla scheda video è abbastanza ininfluente, diciamo che probabilmente la ventola in basso rimane la configurazione migliore
Volendo puoi anche spostare la scheda video in giù di uno slot, visto che hai un sacco di spazio, così dai più spazio al dissipatore per pescare aria leggermente meno calda.