Non possono funzionare tutte a 16x semplicemente perché il chipset X99 non ha 64 linee pcie, ma 40.
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Quindi con 3 VGA ne avresti due funzionanti a 16x e una a 8x, con 4 VGA dovranno per forza di cosa funzionare tutte a 8x.
Domanda: le 4 VGA saranno delle Quadro suppongo...come mai la scelta del 4Way-SLI?