Deframmentare un pc mentre un utente ci lavora e pensare che questo non se ne accorga è una pia illusione, non esiste modo per farlo, idem per tutte le altre attività che fanno largo uso dello storage (a meno di usare una unità a stato solido, che però farebbe perdere di senso il defrag).
L'unico modo per fare queste cose in modo indolore è mentre gli utenti non sono al lavoro, ad esempio con delle schedulazioni notturne, magari avviando i pc mediante wake on lan e spegnendoli al termine del defrag.
Con un bat e
psexec dovresti cavartela agevolmente.