Forse il tuo filmato è problematico nel senso che all'inizio della pubblicità non c'è un fotogramma chiave (key frame) e i programmi gratuiti tagliano appunto solo a livello di fotogrammi chiave, quindi ti rimarrà sempre un po' di pubblicità, per non parlare dell'audio sfalsato che è tipico dei decoder che registrano un po' come pare a loro

senza intervenire qualora un disturbo "dell'etere" provochi la perdita di alcuni frame audio o video.
Per risolvere, prova un bel programma shareware come
MPEG Video Wizard DVD che è completamente funzionante per 30 giorni. Apri il tuo filmato, lo trascini nella timeline, tagli la pubblicità con precisione "al frame", attacchi gli spezzoni spostandoli con il mouse ed esporti il nuovo filmato.
Buon lavoro!