Ciao per quanto riguarda la questione dei programmi ad esecuzione automatica, puoi aprire l'editor del registro di configurazione (cliccando su
Start -->
Esegui e scrivendo
regedit) e cercare le seguenti chiavi di registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce
Qui troverai l'elenco di tutti i programmi che si caricano automaticamente all'avvio di Windows XP, e potrai modificarlo a tuo piacimento.
Maggiori informazioni su questo articolo del supporto tecnico Microsoft:
http://support.microsoft.com/kb/270035/it
Riguardo invece al problema dei temi di Windows XP, mi sembra davvero strano quello che ti è successo

comunque controlla inanzitutto se nella cartella:
C:\Windows\Resources\Themes
c'è la sottocartella Luna (5 Mb) e il file luna.theme (2 Kb).
Se questi file ci sono ancora, puoi ripristinare il tema grafico originale, altrimenti l'unica soluzione (non funzionando neanche il ripristino di sistema) è quella di utilizzare il CD d'installazione di Windows XP per rimettere i file originali di sistema, tramite il comando:
Sfc /scannow
Controlla anche che il servizio
Temi sia attivato ed impostato in avvio automatico.
Comunque se continui a notare altri
comportamenti strani del PC, potrebbe anche trattarsi di un'infezione 
Facci sapere