Per prima cosa monta il tutto e accertati che funziona. Sarà superfluo ricordarlo, ma a volte può succedere che i pc assemblati abbiano dei "problemucci"...
A me è successo con la NF7-s 1.2 che avevo.... monto le ram COrsair LL extreme e con orrore mi accorgo che ilpc non si accende... la 1.2 all'epoca non riconosceva le mie attuali ram...
Cmq nonvoglio portare sfortuna, ma sai com'è...
Una volta montato fai i soliti test per vedere se ram, chipset e procio reggono a 200*X, giusto per vedere i voltaggi, le frequenze e i timings. Tieni sotto controllo le temperature.
Una volta che trovi (spero il più lontano possibile...

) il limite fisico, cerca con i benchmark la configurazione migliore (ad esempio vedi se 230*10 va meglio di 220*11...).
CI vorrà tempo, perchè per sapere esattamente timings e voltsaggi di ram, frequenze e voltaggi di cpu e scheda madre...
Una volta che "conosci" meglio i componenti, puoi fare prove più articolate (abbassi il moltiplicatore e alzi fsb per vedere limite scheda madre e ram, ad esempio...). Trovata la congigurazione migliore, prova i nuovi bios e vedi quale ti dà più soddisfazioni
Per i test ti consiglio: superPi (non tanto per la tenuta, ma per i raffronti...), Prime95 (diverse ore...) e soprattutto Goldmemory per le ram (se passa questo sei a cavallo...).
Per la PCI: puoi farlo, però ti conviene installare win o linux in maniera veloce (senza mettere programmi o altro,solo l'essenziale). Una volta finiti i test, togli la pci e metti la AGP. E reinstalli tutto per bene. NOn ci metti molto (io ad installare il winxp per solo test ci metto pochissimo...)