Dato che si tratta di 1 settore pendente ti consiglio di fargli una passata con HDD Regenerator, che di solito in questi casi risolve:
http://www.fattoebloggato.com/2011/1...generator.html
Tutti i problemi che hai, compreso il mancato riconoscimento da parte dell'utility WD è determinato da quell'unico settore.