[ezio]

Mantieni la finestra aperta mentre usi il pc e tieni sott'occhio per un po' il monitor risorse (ordinando le voci per lettura o scrittura), in modo da vedere cosa è attivo quando ci sono quei picchi.

Prova comunque a disattivare l'indicizzazione di Windows.
Con alcune tipologie di file, o se l'indice si corrompe, quel processo può creare grossi problemi relativamente alle prestazioni.