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Sia facendo la clonazione delle partizioni con SO, sia operando tramite backup e ripristino delle stesse, ti ritroverai incasinato con l'MBR (dual/triple boot gestito da Grub?), cioè il settore che il bios va a cercare per avviare il PC, dove sono scritte le informazioni per avviare questo o quel SO.
Credo che nel caso dovrai smanettarci parecchio per risolvere.
Forse è meglio reinstallare tutto.
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