Per fare questo tipo di operazioni con i vari formati, AVI incluso, io uso essenzialmente 2 programmi:
mkvmerge e
xmediarecode.
Con mkvmerge puoi aprire i due file (AVI, MKV, MP4, FLV ecc) e selezionare le tracce da inserire nel file MKV risultante. Sempre con mkvmerge puoi unire 2 file se questi hanno le medesime caratteristiche. In entrambi i casi ottieni un nuovo file di formato MKV.
Il file MKV ottenuto puoi convertirlo con xmedia recode nel formato desiderato (AVI, MP4 ecc) senza ricodificare, selezionando Copia sia nella scheda Video che in quella Audio.