Si, javacpp ti puo' essere di aiuto.
Personalmente preferisco creare i JNI direttamente, visto che (se non sbaglio), javacpp aveva il problema di fissare i path direttamente nel codice, vale a dire che chiunque poi desideri utilizzare la tua applicazione la deve installare esattamente nella tua stessa cartella.
Cmq non e' difficile: crei una classe Java contenente i metodi che vuoi chiamare e li dichiari nativi, senza quindi fornire alcuna implementazione.
Dopo di che compili ed utilizzi javah, il quale generera' un file .h contenente i nomi delle funzioni che devi implementare in C++ (praticamente devi richiamare le funzioni contenute nella libreria che vuoi usare da Java - devi solo fare un "wrapper").
Quindi, crei un progetto C++, includi ed implementi le funzioni dichiarate nel suddetto file generando una dll (windows), .sl/.so (unix/linux).
Il caricamento della libreria .dll/.sl/.so avverra' mediante la System.loadLibrary().
E' piu' difficile a dirsi che a farsi, non preoccuparti
